在内蒙古自治区政府及有关卫生部门的支持下，自2009年内蒙古国际蒙医医院筹建初始，即成立了“内蒙古国际蒙医医院蒙医药文献搜集办公室”。院领导每年派专人赴内蒙古各地及区外广泛搜集流传于民间的蒙医药文献资料和蒙医药器具，几年来积累了大量珍贵的文献典籍和实物及标本，为抢救、保护和弘扬悠久灿烂的民族文化遗产及筹建博物馆做了大量前期工作。截止2016年6月30日，内蒙古国际蒙医蒙药博物馆藏品达8000千余件（套）。其中大多数藏品为蒙医世家前辈及其子女的无私奉献，也有社会各界热爱民族文化事业的蒙医药专家及民间收藏家的无偿捐献。

内蒙古国际蒙医蒙药博物馆实物陈列展区设在内蒙古国际蒙医医院一至四楼大厅内，为面向广大群众的免费开放式展览。患者和病人家属在等候就诊和闲暇之余，可以顺便浏览参观这些传承几十年至数千年的蒙医传统医用器具及蒙医药典籍，使人们从中可以充分领略到蒙医药博大精深的文化内涵及其发展的悠久历史。

为更好的宣传弘扬蒙医药文化，2013年第十届草原文化节期间，内蒙古国际蒙医蒙药博物馆与内蒙古博物院、内蒙古医科大学蒙医药博物馆联合举办“2013年第十届草原文化节——蒙医药特别展”，并编撰《天人一脉——蒙医药文化巡礼》图录书。为探索、研究蒙医药文化遗产提供了参考的珍贵依据和资料。2013年12月，内蒙古国际蒙医蒙药博物馆赴台湾台北市参加“内蒙古文化周”，同时举办蒙医药器具展览，受到各界人士的极大欢迎，起到很好的社会反响。

为了对广大蒙医药工作者研究和传承蒙医药文化提供珍贵的参考资料，内蒙古国际蒙医医院·内蒙古国际蒙医蒙药博物馆于2013年11月整理编撰出版了《内蒙古国际蒙医医院蒙医药博物馆馆藏图谱》，书中录有蒙、藏文医学典籍和文献资料、蒙医教学挂图、医学唐卡等。此书于2014年11月24日被中国民族医药学会评为“学术著作二等奖”。